据清道光《澄江府志•庙学》记载：“庙学在府治东——玉笋书院旧地。元大德间，总管魁纳建于金莲山。明正德十二年，知府童玺改建旸浦山麓。隆庆四年，知府徐可久迁城于舞凤山麓，学随建城东南隅……万历三十一年，巡按宋兴祖复迁于金莲山麓。康熙四十一年，知府黄元治以府学远处东郊，县学形势揪隘，请改两学合建于今地。”   

　　关于澄江庙学在凤麓镇建立的时间，澄江史学界有争议。一种认为，1570年知府徐可久把府县城从旧城搬迁到凤麓镇时就已经建立了庙学。另一种认为，是康熙四十一年(公元1702年)知府黄元治把府县两庙学合并在一起修建的。   

　　从《澄江府志》：“学随建城东南隅”的文字记载来理解，徐可久当时是在凤麓镇建了庙学的，保存至今的孔庙应是康熙四十一年知府黄元治所建。   

　　《澄江府志•庙学》载：康熙四十一年重建的孔庙是“正殿五间，两翼各三间，两厉各九间，东盟洗所，西祭器所各三间，正殿后启圣祠三间，大成门三间，左右‘名宦’‘乡贤’二祠，棂星门三间，绊池照壁俱备。四十五年，知府刘骊建明伦堂三间、仪门三间。五十二年，湖南巡府郡人李发甲捐建‘德配天地’、‘道冠古今’二坊，置买学前民地以达街衢。雍正十二年，知府来鸣谦，署知县蒋雯建文明石坊，乾隆二年，知县辛文兴置备祭器……”由此可见，澄江孔庙设施配套，具备了学府和祭孔的两种功能。   

　　1936年，孔庙除大成殿外，其他房物全部作民众教育馆。抗日战争爆发后，1939年中山大学八个学院西迁来到澄江，孔庙做了中山大学的文学院。1941年中山大学迁走后，孔庙作了澄江县图书馆。1962年孔庙是澄江县县委党校。1975年孔庙的前半部分是县委招待所。之后，招待所和党校扩建，拆掉了孔庙原来的厢房，又剩下大成殿、中殿、棂星门和泮池。   

　　1986年和1992年，澄江县人民政府拨专款修缮和重绘了孔庙，使破烂不堪的孔庙重新放出灿烂的文化光彩，2001年被玉溪市政府公布为重点文物保护单位。