玉溪矿产资源丰富，矿藏储量较大的有：铁矿石，总储量5.4亿吨，主要分布在新平、峨山、易门；煤，探明储量1.76亿吨，主要分布在华宁、峨山、玉溪；磷矿石，储量12亿吨，主要分布在江川、华宁、澄江三县；铜矿石，储量135.6万吨，主要分布在易门、新平、元江；镍，储量52万吨，位于元江与墨江之间。全市水能蕴藏量达144万千瓦，可开发的有54万千瓦。

　　全市植被覆盖率40％，其中森林覆盖率26％，灌木林覆盖率为16％。主要植被类型有云南松林、湿性常绿阔叶林、半湿性常绿阔叶林、季风常绿阔叶林、苔藓常绿林、苔藓矮林、干热河谷稀树灌木草丛、暧性稀树灌木草丛、华山松林、思茅松林、以及高原湖泊水生植被和人工植被系统。在各种植被类型中，云南松林作为特有的优势地方种森林类型，是玉溪市森林林分的主体，占全市优势树种面积的70％，典型的风景林区已开辟为国家森林公园。

　　干热河谷稀树灌林草丛分布在元江、新平海拔900m以下的热谷区，代表性的禾本科植物有扭黄茅、香茅、龙草、莎草、飞机草等；灌木多为肉质、旱生和硬叶多刺植物，如霸王鞭、仙人掌、牛角刺、落地生根、刺茄、龙舌兰和剑麻等。小乔木主要有天干果、千张纸、白头树、清香木、余甘子、厚皮树、火绳树、木麻黄、虾子花、白头树等。大乔木则以木棉、酸角、榕树、夙凰木等为主。玉溪的孑遗植物有天麻藤科、银杏科和蕨类中的桫椤科等。

　　玉溪市的野生动物有500多种，包括兽类、鸟类、两栖爬行类、昆虫类等。在野生动物中有国家重点保护珍贵动物18种，其中一类保护动物有黑长臂猿、云豹、灰叶猴、绿孔雀。二类保护动物有毛冠鹿、斑羚、林麝、水鹿、大灵猫、小灵猫、金猫、短尾猕猴、穿山甲、金鸡、白鹇、红腹角雉、原鸡。